Formation en Séquençage de Nouvelle Génération : Quatre Sessions à Venir en 2025.

La plateforme de génétique moléculaire a annoncé l’organisation de quatre sessions de formation consacrées au séquençage de nouvelle génération (NGS) et à l’analyse bio-informatique des données. Ces formations, qui se dérouleront en 2025, promettent de marier théorie et pratique dans une technopole équipée des dernières technologies.

Un Contexte en Pleine Évolution

Les avancées spectaculaires en séquençage de nouvelle génération, portées par des technologies comme Illumina et Oxford Nanopore (ONT), révolutionnent la biologie contemporaine. Alors qu’Illumina est idéale pour les lectures courtes et des applications de précision, ONT se distingue par sa capacité à générer des lectures longues, simplifiant ainsi l’analyse de génomes complexes. Ces outils permettent une optimisation remarquable des analyses génomiques.

La Nécessité Croissante de la Bio-informatique

Avec l’essor du séquençage à haut débit, le volume de données générées est colossal, rendant indispensable l’utilisation d’outils d’analyse sophistiqués pour en tirer des informations biologiques exploitables. Une formation en bio-informatique devient primordiale pour permettre aux chercheurs et techniciens de gérer efficacement ces données. Les outils bio-informatiques, qui vont des logiciels de contrôle qualité à ceux d’analyse phylogénétique, transforment les données brutes en résultats concrets.

Objectifs de la Formation

Cette formation vise à démocratiser le séquençage de nouvelle génération et à initier à la gestion des big data générées. Les participants acquerront des compétences pratiques clés, allant de la préparation des échantillons à l’analyse des données, incluant le contrôle qualité, l’alignement des séquences, la détection de variants et la construction d’arbres phylogénétiques.

À la fin de la formation, les participants seront en mesure de :

• Extraire de l’ADN et de l’ARN à partir de divers types d’échantillons (humains, animaux, environnementaux, végétaux).

• Évaluer la concentration des extraits et réaliser des contrôles qualité (Nanodrop, Qubit, Fragment Analyzer).

• Préparer des librairies et configurer les équipements pour NGS (MINIon MK1C, NextSeq 550) afin de générer leurs propres données.

• Gérer les métadonnées, effectuer des contrôles qualité et réaliser des analyses bio-informatique complètes (reconstitution du génome, alignement, phylogénie).

Détails du Programme de Formation

Première Semaine : Wet Lab (séquençage Illumina NextSeq 550 et ONT MinION MK1C)

Cette semaine pratique mettra l’accent sur la compréhension des technologies de séquençage, en abordant la préparation des échantillons et la génération des données.

Introduction aux technologies NGS : différences avec les techniques traditionnelles, principes et applications d’Illumina et ONT.

Préparation des échantillons : extraction, quantification et contrôle qualité.

Génération de données brutes : séquençage avec Illumina et ONT, gestion et stockage des données.

Deuxième Semaine : Analyse Bio-informatique des Données NGS

Cette deuxième semaine introduira les outils bio-informatiques nécessaires à l’analyse des données de séquençage, en se concentrant sur le contrôle qualité et l’alignement des séquences.

Ressources biologiques et banques de données.

Introduction à la bio-informatique et aux formats de fichiers de séquences.

Organisation des métadonnées et contrôle qualité des séquences.

Introduction à Linux et Galaxy pour les analyses bio-informatiques.

Contrôle qualité et nettoyage des données.

Alignement des séquences et détection de variants.

Construction d’arbres phylogénétiques à partir des données alignées.

Profil des Participants et Pré-requis

Ce cours s’adresse aux candidats titulaires d’une maîtrise en biologie moléculaire. Les participants doivent:

• Avoir une expérience en analyses PCR en laboratoire.

• Être à l’aise avec l’informatique et disposer d’un ordinateur personnel.

• Être disponibles pour suivre la formation dans son intégralité.

Format de la Formation

Les formations se dérouleront sur deux semaines intensives, à raison de cinq jours par semaine, combinant théorie et pratique en petits groupes avec un accompagnement pédagogique.

Sessions prévues :

Formation 1 : du 17 au 28 Février 2025

Formation 2 : du 12 au 23 Mai 2025

Formation 3 : du 18 au 29 Août 2025

Formation 4 : du 17 au 28 Novembre 2025

Ces cours auront lieu à la Plateforme de Génétique Moléculaire de l’Institut Pasteur de Côte d’Ivoire, située à Adiopodoumé.

Inscription à la Formation

Les candidats devront s’acquitter d’un montant de 50 000 F CFA par E-money au (+225) 05 46 21 51 02 (frais de transaction inclus) et envoyer leur CV à plateformegenemol@pasteur.ci. Le coût total de la formation s’élève à 250 000 F CFA, à régler en une ou plusieurs fois. Veuillez préciser dans l’email la session choisie (1, 2, 3 ou 4).

Infoline : (+225) 05 46 21 51 02.

Modalités d’Évaluation

Les participants seront évalués en continu à travers des exercices pratiques, suivis d’un mini-projet en fin de formation sur des données réelles, aboutissant à la délivrance d’un certificat de formation.

Des Formateurs de Renom

Les sessions seront animées par des experts nationaux et internationaux en biologie moléculaire, bio-informatique et séquençage NGS, disposant d’une expérience reconnue dans la formation de chercheurs et techniciens.

EDMOND KOUASSI